Он участвовал в обороне Петрограда, командовал кавалерийской бригадой, воюя в Бессарабии, на Украине и на советско-польском фронте. В 1921 году Котовский командовал кавалерийскими частями, в том числе подавляя восстания махновцев, антоновцев и петлюровцев.

Летом 1925 года нарком  Фрунзе назначает Котовского своим заместителем. Вступить в должность Григорий Иванович не успел — он был застрелен Мейером Зайдером в 1925 году. 

Легендарному комкору были устроены пышные похороны, сравнимые по помпезности с похоронами В.И.Ленина. Его именем  был назван город в Одесской области Украины, где Григорий Иванович похоронен в специально выстроенном мавзолее.